Mesofiilsete tüüpide järel teine populaarseim ja sagedamini kasutatav starterkultuur on termofiilsed bakterid. Neil on mitmeid kasutusomadusi ja tootmisprotseduure.
Erinevalt tavalisematest mesofiilsetest kääritustest, mis lisatakse 25–30 Celsiuse kraadini kuumutatud piimale, „taluvad“termofiilsed 30–40 kraadi ja rohkemgi. Vähem vastuvõtlikkus temperatuuritingimustele muudab viimase tüüpi juustu koostisosad asendamatuks nn ekstraktjuustude tootmisel, mis on Itaalias väga populaarne, samuti sortide uuesti kuumutamisel. Nende hulka kuuluvad sordid "Mozzarella", "Provolone", "Romano" ja erinevad Šveitsis traditsiooniliselt toodetud sordid.
Termofiilsete starterite valmistamisel kasutatavad peamised bakteritüved on Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii ssp. Bulbaricus ja Lactobacillus helveticus. Nad jäävad ellu ja suhtlevad piimaga hästi temperatuuril kuni 65 kraadi. Madalamal temperatuuril ei ole välistatud termofiilsete starterkultuuride segunemine mesafiilsete kultuuridega.
Kui soovite valmistada lihtsat kodujuustu või poolkõva versiooni sellest nagu "Gouda", siis pole teil lihtsalt vaja termofiilset starterikultuuri. Sama lugu on sortidega, millel on erinevat tüüpi hallitus - valge, sinine, roheline või punakasoranž. Sellisel juhul peate ostma ainult tavalise mesofiilse stardikultuuri.